微创外科是三六三医院优先发展的特色专科之一，三六三医院开展的微创外科技术在西南地区闻名遐迩，拥有一大批优秀技术人才及系列高科技微创设备。早在1991年末，医院率先在全市引进了腹腔镜，随之开展了腹腔镜外科手术。由于腔镜治疗开展早，积累了丰富的经验，多项技术居西南领先水平，在国内享有较高学术地位。
由于腔镜系列手术具备了共同的优点：以手术切口小或无切口，对组织损（创）伤小，出血少或不出血，术后恢复快，深受老百姓的喜爱，因此，该技术呈现出长盛不衰之势。
迄今已行胆囊摘除术5万余例，并推广至普外科、泌尿外科、妇产科等20余个病种。2010年成功开展单孔腹腔镜手术。2014年引进并开展3D腹腔镜技术，医院微创技术水平再上新台阶。
腹腔镜手术适应症：胆囊结石、胆囊息肉、反复发作的慢性胆囊炎；肝脏占位肿块、肝囊肿；肾上腺皮质瘤、肾囊肿、肾切除；阑尾炎、阑尾切除、小儿疝气、粘连性肠梗阻、粘连带松解术；肠系膜包块切除、腹腔探查；卵巢囊肿、子宫肌瘤、子宫内膜异位症、结扎、宫外孕、子宫切除术、输卵管通水试验及盆腔检查。